予備偏
1 変量効果の推定
　1.1 変量効果と母数効果
　1.2 線形関数と構造モデル
　1.3 母数効果の推定
　1.4 変量効果の推定

基礎編
2 BLUP法の歴史
　2.1 BLUP法誕生の前夜
　2.2 BLUP 法の発見
　2.3 混合モデル方程式の解
　2.4 BLUP法の普及
3 BLUP法の原理と特性
　3.1 BLUP法
　3.2 前提条件
　3.3 分子血縁係数行列
　3.4 遺伝的趨勢
4 種々のモデルのBLUP法
　4.1 変量効果自身が観測値をもつ場合のBLUP法
　4.2 変量効果に属する他の変量効果が観測値をもつ場合
　4.3 母性効果モデルのBLUP法
　4.4 複数形質モデルのBLUP法
5　分散共分散の推定
　5.1 ヘンダーソンの方法I、IIおよびIII
　5.2 最尤法
　5.3 制限付最尤推定法（REML法）
　5.4 MCMC法
6　計算手順とコンピュータプログラム
　6.1　混合モデル方程式の解法
　6.2　正規方程式の作成アルゴリズム
　6.3　分子血縁係数行列の逆行列
　6.4　混合モデル方程式の解
　6.5　コンピュータプログラムの作成
　6.6 変量効果推定のためのアプリケーションプログラム
7　データの構築と変量効果推定の実際
　7.1 レコーディングシステム
　7.2 BLUP法による育種価の推定
　7.3 BLUP法による一般的変量効果の推定

展開編
8　DNAマーカー情報を利用したBLUP法
　8.1　QTL対立遺伝子の遺伝とマーカー情報の利用
　8.2　FernandoとGrossmanの“配偶子効果”モデル
　8.3 遺伝的メリットの予測のためのその他のモデル
　8.4 IBD行列の分割とMABLUP法
9　BLUP法による多形質選抜の実際
　9.1 従来型の多形質選抜（制限を付加しない場合）
　9.2 制限付き選抜
10　BLUP選抜と集団の有効な大きさ
　10.1 はじめに
　10.2　集団の有効な大きさ
　10.3　選抜の働く集団の有効な大きさ
　10.4　閉鎖群育種におけるBLUP選抜
　10.5 大家畜におけるBLUP選抜
　
応用編
11　応用事例
　11.1 乳牛の泌乳能力評価への応用
　11.2　肉牛育種への応用
　11.3　豚系統造成への応用
　11.4　競走馬の能力評価
　11.5　魚類育種への応用
　11.6　植物・林木の育種への応用
　11.7　医学分野への応用
　11.8　社会科学分野への応用

付録
参考文献
索引